Aunque Sade ya escribía antes de entrar en prisión, su encarcelamiento servirá para que el marqués desate su pluma. En prisión escribe Los ciento veinte días de Sodoma, Aline y Valcour, Los infortunios de la virtud (núcleo de la futura Justine) y los cuentos que luego compondrán Los crímenes del amor, además de otras obras menores. En sus obras Sade enfrenta siempre al orden social con el natural, que es el que domina al ser humano y, por lo tanto, no existe el libre albedrío. El asesinato, el crímen, el incesto, la crueldad y la sodomía son naturales y, por tanto, legítimos según la filosofía sadiana. La naturaleza sólo quiere el bien en compensación del mal, y si éste existe, es porque la naturaleza lo requiere y lo necesita. Lo mejor que los hombres pueden hacer, dada su condición y naturaleza, es buscar el placer. La reivindicación del cuerpo se vuelve esencial en Sade.
El estallido de la Rebvolución Francesa casi pilla a Sade en La Bastilla, a dónde había sido trasladado en febrero de 1784. Tras ser castigado (se le prohíbe pasear por el patio) y provocar un tumulto gritando por la ventana de su celda que los presos de la Bastilla están siendo degollados y pidiendo a los parisinos que los socorran, Sade es trasladado el 4 de julio de 1789 al hospital mental de Charenton. No puede llevarse nada con él, ni sus obras, que se perderán cuando la fortaleza-prisión sea asaltada diez días después e incendiada.
En marzo de 1790, el nuevo orden anula las lettres de cachet y ordena que todos los que han sido arrestados sin haber sido legalmente condenadas o sin mediar un juicio, que sean liberados inmediatamente. Es el caso de Sade. El 2 de abril de 1790, solo (su mujer ya no soporta sus agravios y se niega a recibirle) y sin casa, tras trece años de encierro, sale por fín a la calle.
Sade no volvería a cometer ningún exceso, pero tampoco se iba a arrepentir de lo hecho y sus obras reflejarán fielmente sus principios. Su pasado se volvió tema de estudio y escritura. El ciudadano Sade intentará abrirse un hueco en el nuevo orden social, tanto a través del arte como de la política.